魚類在各種水體分佈廣泛，從高山的溪流到深海的水體都能發現牠們的蹤影。以物種數量，牠們更是已被記錄的脊椎動物之冠。
香港山巒起伏，有湍急的山溪，且有水流緩慢的河口，為豐富的淡水魚類提供了廣泛的淡水生境。另一方面，細小的香港海域亦有著豐富海洋魚類。儘管本港水域面積（1,650平方公里）僅為南中國海（340萬平方公里）的0.05%，但南中國海水域約三成的海洋魚類可在香港找到。
淡水魚類
本港有記錄的淡水魚達196種，當中以鯉科、鰕虎魚科、鰍科和麗魚科為主。淡水魚可分為四類，包括初級淡水魚、鹹淡水魚、海洋游移魚類和洄游性魚類。初級淡水魚是指整個生命週期均在淡水生活的魚類。本港記錄有19科71種初級淡水魚，佔全港淡水魚的百分之三十六。牠們主要屬於鯉科、爬鰍科、鱂科和鱧科，常見例子包括異鱲、擬平鰍、食蚊魚和斑鱧。鹹淡水魚類通常生活於河口地區。本港有記錄的淡水魚約四分之一為鹹淡水魚類，共47種。主要為鰕虎魚科和塘鱧科的魚類，例子包括深鰕虎魚和尖頭塘鱧。海洋游移魚類大部分時間在海岸或海洋產卵和生活，只會偶爾游進河溪。本港有記錄的海洋游移性魚類共有60種，佔本地淡水魚約百分之三十一。紫紅笛鯛、眶棘雙邊魚、細鱗鯻和長鰭籃子魚是常見海洋游移魚類的例子。洄游性魚類（包括溯河洄游、降海洄游及兩側洄游物種）則遷棲於河溪與海洋之間，洄游性魚類只佔所有淡水魚物種的百分之九，共18種。本港有記錄的兩側洄游魚類的例子有，紫身枝牙鰕虎魚和多鱗枝牙鰕虎魚，降海迴游魚類的例子則有日本鰻鱺和花鰻鱺。
本港的淡水魚主要分佈於高地山溪、低地河溪、河口和水塘。香港的山溪數目十分之多，源頭位於陡峭丘壑，沿流有湍瀨及瀑布，偶爾有深潭，大部分都位於郊野公園之內。高地山溪的淡水魚物種雖然不算豐富，但也可找到不少原生的魚類，例如擬平鰍、麥氏擬腹吸鰍、橫紋南鰍和溪吻鰕虎魚，而且數目眾多。本港低地河溪的堤岸較少被濱水植物遮蔽，水質一般較混濁，底層物質漸漸從石塊及沙石轉變為沙和泥。常見的物種有異鱲、條紋四鬚䰾、子陵吻鰕虎魚、鬍鯰和斑鱧，當中亦可找到稀有的物種如斯氏波魚和線細鯿。此外，淡水魚亦棲息於河口。河口交雜溪流的淡水和海岸的鹹水，底層物質一般為幼沙石，形成獨特的生境，為鹹淡水魚類和海洋游移魚類，如鰕虎魚、塘鱧和笛鯛，提供合適的居住環境，不常見的日本鰻鱺和黑首阿胡鰕虎魚亦可在這種生境內找到。本港的水塘是在山谷或海灣築壩建成的人工水體，水源來自山溪和引水道，或引接由內地輸入的水。水塘的水生生境包括長滿矮樹叢的堤岸淺水區和深水的廣闊水域，為不同的淡水魚提供合適的生境，當中包括稀有的高體鰟鮍和台細鯿。
海洋魚類
香港海洋魚類的物種豐富多樣。在過去175年的魚類學研究，香港共記錄到約27目135科超過1,000種海洋魚類，數字在過去數十年仍持續增長。香港水域的海洋魚類主要來自兩大分類群，分別是軟骨魚（軟骨魚綱）及硬骨魚（硬骨魚綱）。本港最常見的十科魚類依次為鰕虎魚科、隆頭魚科、鮨科、鰺科、笛鯛科、鮋科、雀鯛科、天竺鯛科、石首魚科和蝴蝶魚科。 海洋魚類與牠們居住的生境有密不可分的關係，在維持海洋生態系統的平衡發揮重要作用。海洋魚類透過與其他生物和環境的互相影響，塑造出不同的物種群落和各種棲息地。海洋魚類多樣性也促成了豐富漁業資源的基礎，香港水域多於150種魚類具有商業價值，是我們食物的供應來源。豐富的漁業資源亦令漁民可以維持生計。
· 鯊魚和鯆魚
鯊魚和鯆魚是香港水域較易找到的軟骨魚。軟骨魚是最古老的脊椎動物之一，牠們存活在地球上已超過4億多年。鯊魚和鯆魚是屬於板鰓亞綱（Elasmobranchii）的軟骨魚，當中「Elasmo」的意思是板和「Branchii」的意思是鰓，因為這些物種的頭部兩側都有多對鰓裂。軟骨魚的身體結構和生活方式有別於常見的硬骨魚，例如牠們的骨骼是由軟骨組成；身體都覆蓋着盾鱗（即齒狀鱗片），因此牠們身體的觸感比較粗糙；視乎不同物種，牠們能透過五至七對鰓裂來呼吸，一般來說，中上層的鯊魚或鯆魚物種需要不斷游動來讓帶氧的水流過鰓部，而底棲的物種則可以自主地讓海水經氣孔進入後從鰓裂外流出；軟骨魚都是通過體內受精繁殖，然而牠們會採取不同的方式：胎生類的幼魚通常在母體內發育完全才出生，卵生類的幼魚則有卵殼包裹然後孵化，而少數的物種更會以稀有的卵胎生方式繁殖，胚胎會在卵殼內成長並在母親體內孵化才出生。許多軟骨魚物種都有電感受器來探測水中的電場，從而尋找獵物、導航和感測溫度。
基於有限的研究和記錄，我們並不清楚了解在香港水域記錄到的鯊魚和鯆魚的確實物種數量。以往的一些記錄均是基於海岸線上擱淺的樣本，或是在魚市場發現的，然而牠們的原生棲息地可能離香港甚遠。此外，許多物種有廣闊的棲息範圍和遷徙習性，使牠們難以被區分是定居香港或是過境的物種。從香港漁業的歷史記載顯示，在四十年代，鯊魚全年在香港水域均隨處可見，包括大澳、長洲、南丫島、佛堂洲及東龍洲附近水域。不過，許多鯊魚和鯆魚物種在過去幾十年已經甚少在香港被記錄，原因可能與過度捕撈或合適的棲息地減少有關。現時香港只有兩種體形較小的鯊魚較為常見，分別為條紋斑竹鯊（狗女鯊）和寬尾斜齒鯊（竹鯊），牠們皆以捕食小魚和甲殼類動物為生，一般不會對人類構成危險；相對而言，大部分鯆魚物種則依然較為常見，例如邁氏條尾魟（黑點土鯆）及尖嘴魟（黃鯆）等。
· 珊瑚魚
珊瑚魚是其中一類較為大眾熟識的硬骨魚，泛指那些部分或全部時間生活在硬底質海床上（包括岩礁和珊瑚群落）的魚類，然而牠們也可在不同生命階段中到附近的其他生境棲息，因此為「珊瑚魚」作出一個普遍的定義相當困難。例如，紫紅笛鯛（紅鮋）的幼魚生活在紅樹林和河口附近的軟質海床，而成魚卻通常在珊瑚礁出沒；相比之下，有些物種畢生依賴珊瑚礁和岩礁為生，例如以石珊瑚為食物的鸚鵡魚。與其他棲息地的魚類相比，珊瑚魚的外觀通常較為鮮艷，這特徵可能有助於牠們與絢麗和複雜的環境融為一體，以擾亂捕食者或獵物。
香港珊瑚魚大多棲息在東面及南面有較高的鹽度及珊瑚覆蓋率的水域，珊瑚魚的物種亦頗為豐富，比起夏威夷的物種數量還高，但就與海南島等其他南中國海地區相似。香港至今已錄得超過340種珊瑚魚，當中較為人熟悉的有克氏雙鋸魚（小丑魚），蝴蝶魚和石斑等。
