珊瑚礁是世界上最复杂及生产能力最高的海洋生态系统之一。它孕育出多种类别的海洋生物,微小至单细胞的原生动物,大型至一些脊椎动物如鲨鱼等,以至海中的植物如海藻等,都以珊瑚礁作为它们的栖息之所。珊瑚礁时常被喻为海中的热带雨林,因为两者都有著非常高的物种多样性以及生产力。
一般而言,石珊瑚的生长与其共生的虫黄藻有著紧密的关系。石珊瑚以虫黄藻透过光合作用所制造的有机物质作为主要能量来源,而虫黄藻则受惠于珊瑚所产生的代谢物。正因虫黄藻需要适合的环境来进行光合作用,所以珊瑚礁的分布主要取决于海水温度和光线。海洋性水域(海水盐度达千分之32 - 35)、介乎摄氏二十五至二十八度的海水温度、风平浪静以及没有过多沉积物的环境等等都是珊瑚最理想的生长条件。因此,世界上广阔的珊瑚礁只能于远离主要河口位置的热带及亚热带沿岸地区形成,大部分位于赤道以南及以北25度以内,水深一般少于30米。
香港位于热带地区的边缘。受著珠江的影响,香港西面的水域较为混浊,盐份也较低。香港冬天的水温大概为摄氏十六度,偶然低至十三度。因此,香港的海洋并非珊瑚生长的理想环境。纵然如此,在香港境内录得的石珊瑚却多达84种,相对于世界上已有记录的800多个品种,这个数目也算相当不俗。
香港水域的珊瑚多在东北面及东面水域生长,因为这些地方有天然屏障保护,而且不受到珠江淡水流影响。在香港生长的珊瑚不会形成辽阔的珊瑚礁,反之,它们只能在浅水区域形成珊瑚群落。面积较大和较广阔的珊瑚群落可于香港东北面水域找到,东平洲、娥眉洲和海下湾等都是石珊瑚复盖率和物种丰富度较高的地方。团块形的珊瑚,尤以蜂巢珊瑚科的扁脑珊瑚、蜂巢珊瑚和角蜂巢珊瑚在这些地方占有较明显的优势。
其他一些体积较大的珊瑚,如牡丹珊瑚、滨珊瑚和陀螺珊瑚也能在东面水域如桥咀洲、牛尾洲、瓮缸湾等地方找到,并形成可观的复盖面积。除团块形的珊瑚,其他分枝状珊瑚如鹿角珊瑚,板状珊瑚如蔷薇珊瑚等,偶然也会在不同的群落中占有优势。至于香港的东南面及南面,包括果洲群岛、宋岗、横澜、鹤咀(香港岛的最东南端)、南丫岛和长洲等地方的珊瑚复盖率和物种丰富度均比较低。在这些地方找到的珊瑚一般不会形成大片的珊瑚群落,而只是零散地分布于大石和碎石之间。